Нашел вот такой вариант
<script language="JavaScript">
var str = new String(document.getElementById("navpm").innerHTML)
var str2 = new String(document.location)
if( (str.indexOf("(") != -1) && (str2.indexOf("messages.php") == -1) )
{
alert("У Вас есть непрочитанные личные сообщения")
}
</script>
<script type="text/javascript">
forum = "http://НАЗВАНИЕ ФОРУМА БЕЗ WWW"
str = document.getElementById("navpm").innerHTML
loc = new String(document.location)
if( (str.indexOf("(") != -1) && document.referrer.indexOf(forum)==-1 && loc.indexOf('messages.php')==-1)
{
count = parseInt(str.substring(str.indexOf("(")+1,str.indexOf(")")))
if (count==1) text="У вас есть 1 новое сообщение"
else if (count>1 && count<5) text="У вас есть " +count+" новых сообщения"
else text="У вас есть " +count+" новых сообщений"
msg = "<div id=\"new-mes\" class=\"container\" style=\"position: absolute; z-index=2; left: 40%;\">"
msg += text
msg += "<br><a href=\"\" onclick=\"document.location.replace('messages.php'); document.getElementById('new-mes').style.display='none';return false;\">Посмотреть личные сообщения</a>"
msg +="<br><a href=\"\" onclick=\"document.getElementById('new-mes').style.display='none'; return false\">Закрыть окно</a>\r\n"
msg += "</div>"
document.getElementById("pun-status").innerHTML += msg
}
</script>